胃腸道間質瘤晚期患者，通常為已經出現復發或已經存在轉移的患者，胃腸道間質瘤出現復發轉移情況下，通常以內科靶向治療為主。目前治療胃腸道間質瘤，除常用藥物伊馬替尼外，還有蘇尼替尼、瑞戈非尼、阿帕替尼、瑞派替尼等較多藥物。 晚期間質瘤治療還是以內科治療為主，通過內科治療，部分晚期胃腸道間質瘤患者，仍可達到根治性手術切除目的，獲得較好治療效果。胃腸道間質瘤的患者，如果出現腸梗阻、腸穿孔、嚴重出血，雖然為晚期胃腸道間質瘤患者，仍需要進行手術或其它介入方法，通過綜合性治療手段，使晚期胃腸道間質瘤患者，達到較好的治療效果。