晚期胃腸道間質瘤通常是指已經出現了復發轉移，沒有手術機會的腫瘤，對于這部分腫瘤，通常暫時不考慮手術，可以先考慮伊馬替尼治療。腫瘤縮小以后，患者的各方面情況允許，再考慮進行手術治療，盡量完整切除腫瘤和耐藥的腫瘤克隆。如果無法手術，腫瘤繼續發展，可以考慮進一步更換藥物治療。通常藥物的選擇根據TKI的治療推薦一線、二線、三線來進行選擇，通過藥物的治療能夠控制腫瘤，延長患者的生存。近年來有多款針對胃腸道間質瘤的靶向藥物在國內獲批，除了最常用的一線伊馬替尼之外，還有二線的藥物舒尼替尼，三線的藥物瑞戈非尼，以及2021年獲批上市的四線藥物瑞派替尼，以及針對D842V突變的阿伐替尼，這些藥物都是復發轉移的胃腸道間質瘤患者的靶向藥物選擇。晚期的胃腸道間質瘤患者長期服用這些靶向藥物，承受著較重的經濟負擔和不良反應，同時處于復發轉移的心理壓力之下，經常會覺得焦慮不安，生活質量受到影響。但隨著醫學的進步和科技的發展，胃腸道間質瘤生存的情況已經大大改善，胃腸道間質瘤已經進入了慢性病的范疇，即使是晚期腫瘤，通過積極的治療，總體治療效果也比胃癌或者結直腸癌要好。因此患者應該抱有信心，積極樂觀的心態才能夠戰勝病魔。