泡性結膜炎的小泡很難消失，通常需要依賴藥物，臨床上通常會使用激素的眼藥水，來減輕泡性結膜炎癥狀。同時也會使用非甾體類消炎藥，如普拉洛芬或色甘酸鈉眼藥水，來減輕炎癥介質釋放造成的眼表不適感，如異物、疼痛及充血和流淚。泡性結膜炎屬于結膜上皮局限性的變態反應，具體的發病機制不明，但不會造成明顯的眼部分泌物，對眼睛不會造成實質性損害，不會影響視力，因此也可以不用處理，反復觀察即可。臨床上使用眼藥治療泡性結膜炎，通常效果并不理想，部分患者甚至需要進行手術切除，但也有患者泡性結膜炎小泡，包括結膜炎病灶，使用激素后可以達到消失和臨床治愈。雖然大部分的患者使用藥物后效果并不理想，但藥物可以極大緩解泡性結膜炎造成的不適癥狀，包括疼痛、畏光、流淚以及異物感。