小便后陰莖疼痛，常見有以下幾個原因：1、尿路炎癥：整個尿路存在炎癥時，排尿后尿液可能刺激陰莖，從而刺激到尿路上皮的神經末梢而可能出現尿疼，同時還可能伴有尿急、血尿；2、前列腺炎癥：排尿后用力收縮肛門以排凈殘余尿，收縮肛門時擠壓到前列腺，前列腺液內的液體可能流入到尿道，也可能出現尿道、陰莖的疼痛；3、陰莖海綿體炎癥：陰莖海綿體存在慢性炎癥或急性炎癥時，排尿后或陰莖腫大、脹大后，均可能出現疼痛，此時按壓陰莖可以判斷是否存在陰莖海綿體炎癥；4、陰莖海綿體硬結癥：如果陰莖存在腫塊而出現疼痛，特別是在勃起狀態下出現疼痛，有可能是陰莖海綿體的硬結癥；5、尿道口炎癥：包皮過長或包莖等情況，也可能出現排尿后陰莖疼痛的現象。因此排尿后陰莖疼痛需查明病因，化驗尿液，必要時進行陰莖的超聲檢查，以判斷尿道有無結石。陰莖的體格檢查，可以判斷在按壓陰莖時，是否會出現疼痛，以明確疼痛的原因。