陰莖疼痛好幾天，需要根據具體的病因進行治療，在臨床上最常見的原因有以下幾點：1、性生活頻繁：性生活過于頻繁或者手淫過于頻繁，力度過大，導致陰莖海綿體輕度損傷。這時候的治療原則就是讓陰莖休息，禁欲1-2周，通常陰莖的疼痛就會有所好轉，不需要特殊的藥物治療；2、尿道炎：通常是常見的致病菌比如大腸桿菌、金黃色葡萄球菌或者變形桿菌入侵進入尿道，導致尿道黏膜充血、水腫，感覺神經變得更加敏感，就會有尿急、尿痛、陰莖疼痛的癥狀。這時候的主要治療就是采用抗生素治療，常用的抗生素有喹諾酮類；3、陰莖硬結癥：通常在勃起之后，做查體發現陰莖體某個部位有個大約1公分，甚至2公分的硬結，導致無法勃起。這時候要根據硬結的大小，可以采用藥物或手術的治療方案；4、前列腺炎：由于陰莖也是前列腺走行神經的一個體表投影區，所以前列腺炎時，也會伴有陰莖特別是尿道處的疼痛，這時候就要按照前列腺炎的治療原則進行合理的治療。