孩子陰莖疼痛的原因具體如下：1、包皮龜頭炎或陰莖體炎：孩子陰莖疼痛一般都是包皮龜頭炎，或者陰莖體炎，出現這種情況以后，孩子陰莖體腫脹、包皮腫脹，會有水泡、紅腫，或者有膿性和黏性分泌物，出現這種情況以后，一定要讓孩子多喝水、多排尿，可以買紅霉素眼膏均勻涂抹在孩子的陰莖體、包皮口，以及尿道口周圍，會起到非常好的治療作用，一般經過1-2天的治療即可痊愈；2、包皮過長或包莖：如果孩子經常出現這種情況，也可以看孩子的包皮是不是過長，有沒有包莖情況，看最近孩子是不是活動量比較大，飲水量比較少，出汗多，孩子排尿少，在這種各種原因影響下造成局部感染。如果孩子已經到了學齡后，或者青春期，這個時候如果孩子經常出現局部感染，也可以考慮將孩子包皮過長的狀態，或者包莖，做包皮環切手術，將孩子多余的包皮切除掉，切除掉以后孩子龜頭外露，此時保持局部干燥，同時平時護理也更方便，方便局部的清潔護理，不給細菌滋生的環境和機會。