射精后陰莖疼痛，最常見于以下原因：1、尿道炎：病人發生尿道炎時，感染性致病菌導致尿道黏膜紅腫、糜爛，還會導致尿道黏膜出現水皰、膿皰。水皰、膿皰破裂后，出現膿性分泌物，在射精時，由于尿道黏膜糜爛，會出現糜爛處黏膜刺痛的癥狀；2、前列腺炎：病人發生前列腺炎時，感染性致病菌刺激前列腺部尿道黏膜，導致黏膜紅腫、糜爛，引起前列腺腺體炎性腫大。前列腺腺體炎性腫大后，會波及射精管開口，導致輸精管發炎。感染性致病菌在輸精管內大量繁殖，在射精時，致病微生物射入后尿道，導致后尿道出現疼痛癥狀；3、后尿道結石：病人發生后尿道結石，由于射精后刺激后尿道黏膜，導致尿道收縮，也會出現陰莖疼痛癥狀。病人出現上述癥狀時，應及時到泌尿外科就醫，通過泌尿系彩超檢查，可以除外有無膀胱結石、后尿道結石，通過前列腺彩超檢查，可以發現前列腺腺體是否有炎性腫大。