內耳磁共振檢查通常不會引起疼痛，但由于檢查時間較長以及檢查空間密閉，對于患有幽閉恐懼癥患者可能略難受，但多數患者可完成此空間內檢查。另外，磁共振檢查噪聲較大時，患者可配戴保護耳塞避免噪音干擾。內耳磁共振檢查對患者內耳疾病診斷具有重要幫助，通過磁共振可以觀察到耳蝸、前庭微細結構，對梅尼埃病等內耳疾病診斷尤為重要。此外，對于顱內腫瘤、聽神經瘤等疾病也可發揮重要診斷作用，因此當患者臨床需要進行內耳核磁共振時，可以放心進行檢查。