如果在胃腸道間質瘤小于2cm時被發現，并且通過腸鏡或手術的方式將其切除，則患者的預后完全與正常人相同，無需擔心腫瘤問題，術后只要定期復查腸鏡或胃鏡即可。如果是在胃腸道間質瘤長到比較大的階段，比如超過2cm，甚至更大的階段，則需要及早進行切除，切除之后也無需過分擔心，只要定期進行胃腸鏡檢查以及相應體檢就即可。總體來說，胃腸道間質瘤的惡性程度并沒有胃癌或腸癌的惡性程度高，所以大家無需過分擔心。