海鹽水本身是生理性的，所以用海鹽水沖洗鼻腔沒有明確的副作用。需要注意是沖洗時避免用力以及做吞咽動作，否則可能會使咽鼓管咽口在鼻咽部的開口開放，而將鼻腔、鼻咽部的感染物帶入咽鼓管內引起急性中耳炎。海鹽水沖洗是治療各種鼻炎、鼻竇炎的基本方式，可以將鼻腔分泌物盡量清除干凈，減少過敏原與鼻腔、鼻竇黏膜的接觸，預防過敏性鼻炎以及減輕過敏性鼻炎的癥狀。清洗后鼻腔內噴的藥物如鼻噴激素，能夠較好地與鼻腔黏膜結合，從而能夠發揮療效，改善鼻炎的癥狀。