腦干梗死最好的治療方法就是發現病人出現癥狀后，以最快的速度，第一時間送到有救治條件的醫院，盡早讓患者得到最積極的治療，能夠獲得比較好的預后。腦干梗死和其它部位的腦梗死在治療原則基本相同。在發病特別早的時候，如從發病到用藥在3-4.5個小時，可以考慮用靜脈溶栓的方法，有可能把血栓溶解掉，使血管再通，這樣預后會比較好。如果考慮大血管閉塞，如椎動脈或者基底動脈主干閉塞，也可以在發病6-8個小時做血管造影。如果發現責任血管的血栓，可以采用動脈取栓的方法。當然如果是腦干梗死，取栓的時間可以適當放寬。如果已經錯過靜脈溶栓或者動脈取栓的時機，后期治療就是腦梗的常規治療，如抗血小板聚集的治療、他汀類的調脂藥以及血壓、血糖的調控和各種并發癥的綜合處理措施。這是一個整體的綜合的處理措施，并不是單靠某一個藥物能夠完全解決問題。包括部分腦保護劑、改善微循環的藥物，都能起到一定的作用。