腰困、小肚子疼，可能由以下幾種原因引起：1、月經期：女性在月經期間可能會有腰困、小肚子疼，主要是由于盆腔充血造成；2、慢性盆腔炎：引起腰困、小肚子疼痛等，需要去婦科做婦科彩超或者盆腔磁共振，確診是否有慢性盆腔炎；3、泌尿系統疾病：如膀胱性疾病，膀胱腫瘤、膀胱炎，以及前列腺、精囊腺疾病，甚至輸尿管、腎臟疾病，都有可能引起腰困、小肚子疼；4、植物神經功能紊亂：通過泌尿外科或者婦科檢查排除疾病外，有可能是植物神經功能紊亂所引起的腸功能紊亂。針對植物神經功能紊亂，可以口服調節功能紊亂的藥物進行治療，通常能夠取得較好的效果。