先天性膽總管囊腫手術方式是切除擴張膽總管，將腸道空腸做空腸膽總管吻合，使膽汁能夠順暢進入腸腔，能夠幫助消化，屬于一個常規手術。一般而言，此手術風險并不是很大。 手術后并發癥包括出血、膽瘺等，但這種情況一般發生的比較少。對于有炎癥、感染，以及反復感染發作的膽總管囊腫，或者周圍粘連很重的膽總管囊腫，手術風險就會增加，術后出血、膽瘺風險也會增加，對于術者要求會更高。對于有反復炎癥發作的病人，建議到正規三甲醫院肝膽外科做手術，可能會更加安全。