鵝口瘡的病因，其病原體或者致病微生物是真菌，或者確切地說鵝口瘡最常見的是白念珠菌。白念珠菌引起白色凝乳狀的斑片，在口腔內長叫鵝口瘡。白念珠菌實際上是人類共棲的菌，正常人嘴里也會有真菌，會有白念珠菌，但是不致病。鵝口瘡是發生在生命兩頭的疾病，新生兒最常見，因為免疫力低下，比如從產道出生，如果母親的外生殖器里有真菌、有白念珠菌，會造成孩子口腔的念珠菌的感染。抗生素的使用，由于用抗生素造成菌群的失調，念珠菌就會活躍，抑制其的菌被殺滅之后會引起致病。雖然不是生命兩頭，年輕力壯但是了艾滋病，使得免疫功能低下，也會造成念珠菌的感染，因為菌群也失調了，念珠菌也在，免疫力低的情況下引起致病。白念珠菌在正常人嘴里是有的，只有在免疫功能低下，比如抗生素和激素的使用造成菌群失調、老年人和嬰幼兒機體的免疫功能低下或者艾滋病的患者機體免疫功能低下的情況下，原來共棲、本來不致病的菌致病，形成鵝口瘡，術語叫急性假膜型念珠菌病。