病毒性結膜炎一般為水樣分泌物，而細菌性結膜炎一般為化膿樣、較黏稠的分泌物。結膜作為透明的黏膜組織，下面為疏松結締組織，稱之為Tenon's囊，囊內有豐富的淋巴管及血管，受到病毒感染時可引起較強免疫反應，導致淋巴管充血水腫而引起淋巴回流障礙，出現水樣分泌物。病毒性結膜炎可導致耳前淋巴結腫大，并可伴發燒。結膜炎表現有異物感、疼痛、怕光、流淚的共性，但病毒性和細菌性結膜炎的分泌物完全不同，由于病原微生物不同，治療上也有所不同。細菌性結膜炎需使用抗菌素眼藥水，病毒性結膜炎使用抗病毒眼藥水能達到臨床治愈，一般不需要全身給藥。