在艾滋病晚期，人體的免疫功能明顯下降，導致重度免疫缺陷。在此基礎上，人體容易發生各種感染和腫瘤，所以癥狀也多種多樣。由于感染的病原體不同，感染可以是細菌感染、病毒感染、真菌感染或寄生蟲感染，且感染部位也各不相同。除了常見的肺部和腸道感染，如肺炎、胃腸炎，還有其他不容易發生的感染，包括皮膚真菌感染如馬爾尼菲青霉病，以及腦部感染。在免疫功能良好時，不容易出現，但在艾滋病晚期，免疫功能缺陷的情況下，更容易發生腦炎、腦膜炎等疾病。也可能出現各種腫瘤，如皮膚的卡波西肉瘤和神經系統腫瘤等。