高密度脂蛋白膽固醇偏低的原因，與患者自身遺傳以及生活方式有一定關系，高密度脂蛋白膽固醇的減低相當于低密度脂蛋白膽固醇升高，對健康有害。高密度脂蛋白膽固醇偏低最常見的原因是自身代謝的問題，增加運動量或者藥物能升高高密度脂蛋白膽固醇，但是煙酸類藥物的副作用較大，往往出現惡心、嘔吐，患者不能耐受，所以用藥物的方式升高高密度脂蛋白膽固醇的方法效果較差。 增加運動、改善生活方式的效果較好，是較倡導的措施。對于高密度脂蛋白膽固醇偏低，目前醫學的研究，包括治療手段相對比較薄弱。高密度脂蛋白膽固醇低的危害小于低密度脂蛋白膽固醇高，所以不要過于擔心，應以改善生活方式為主。