首先要評估肛瘺患者的病情，如果局部病損程度比較小，這類患者可能打局部麻醉即可。局部麻醉打完，在做手術時還有不適感，這種不適感或者輕微疼痛大多數病人可以忍受。部分病人已經發展比較嚴重，肛瘺病變比較大，有些化膿比較明顯，這類病人常用半身麻醉，即打在背上，或者打在臀部稍上方，稱為骶管阻滯。兩者本質一樣，麻醉范圍相對比較大，病人可以做較長手術，而且這種疼痛幾乎不會有，對于復雜肛瘺手術都可以順利做下來。 部分病人有其他問題，病變比較大，不太適合做椎管內麻醉，即不能做半身麻醉，對于這類病人可以考慮做全身麻醉。選用麻醉方式都是由麻醉醫生、外科醫生和病人反復溝通后確認，都是選擇對病人較合適的方式或者造成風險最小的麻醉方式，所以類似肛瘺的小手術有時也會用到全身麻醉，患者可以好好和醫生溝通，麻醉醫生和外科醫生都會好好解釋。