肛門指檢和肛門鏡是肛腸科最常用的檢查方式，這兩個檢查沒有哪個更準確的說法。這兩個檢查都很重要，兩種檢查的準確程度和醫生的經驗、手法、病人的配合程度、腸道的準備情況密切相關，要正確對待這兩個檢查，不要排斥。基本上所有的疾病，都要用到肛門指檢和肛門鏡檢查，但是對于部分疾病，可能需要采取其中的一種來進行判斷，比如肛裂或者痔瘡發作的時候、肛門狹窄的情況，沒法做肛門鏡，只能通過肛門指檢進行檢查。肛門指檢和醫生的經驗、病人的配合程度密切相關；肛門鏡的檢查和病人的直腸是否空虛、肛門鏡的深度也有明顯的關系。這兩個檢查如果做好，肛門疾病的很多問題都可以通過這兩個檢查發現，進行確診。肛門指診主要是來觸摸這個腫塊的性質、質地和活動度，特別是直腸癌，可以通過指檢摸到腫瘤距肛門下面的距離，看是否能保住肛門，可以觸摸到腫瘤的基底部，是固定的還是活動度可以的，是否能切干凈，還有腫物的上級，腫物造成直腸狹窄的程度與其他器官是否有粘連，是否侵犯到周圍器官。對一個腫物做一個大概的判斷，對于一些疾病，像膿腫、黏膜下膿腫或者是間質瘤。通過肛門鏡有些疾病發現不了，存在黏膜下、黏膜外的病變，都得通過肛門指診去判斷。肛門鏡可以在指診檢查之后做一個輔助的判斷，假如指套染血，通過肛門鏡進一步看出血的原因，是痔瘡出血、肛裂出血，還是息肉出血、直腸癌出血、直腸潰瘍出血。通過出血點的判斷、出血位置的判斷，可以明確這個疾病的性質。另外，就是看痔瘡、內痔，看痔瘡的分布，看痔瘡痔核的大小，包括潰瘍，都可以通過肛門鏡鏡下明確地進行判斷。