胃腸道間質瘤復發，可以根據患者的實際情況判斷是否能手術。目前對于復發患者以靶向藥物治療為主，某些靶向藥物，如一線用藥伊馬替尼、二線用藥舒尼替尼、三線用藥瑞戈非尼和四線用藥瑞派替尼，都可很好地控制腫瘤，而且只要藥物治療后腫瘤沒有增大，患者都可以從藥物治療中獲益。對于局部復發轉移的胃腸道間質瘤患者，復發后肝轉移患者如果腫瘤控制良好，甚至縮小，經過醫生評估有完整切除的機會者，可以考慮二次手術治療。另外，還有一部分胃腸道間質瘤患者，復發后腫瘤切除的風險較大，或者手術切除可能嚴重影響到臟器功能，這部分患者暫時無法手術，只能先口服靶向藥物治療，腫瘤縮小后再進行手術。但如果復發后，腫瘤已經發生了腹腔廣泛轉移，這部分患者很遺憾沒有手術的機會。