現在腸道菌群主要通過大便進行化驗，臨床上用的比較多的主要是大便的菌群分析辦法。在醫院里，如果檢驗腸道菌群，主要收集2個小時內新鮮的大便樣本，送到化驗室化驗，然后通過染色后在顯微鏡下判斷菌群，即桿菌/球菌的比例，還有細菌的數量，是比較粗略的定量辦法。如果比較精確的定量辦法，像PCR類的分子生物學的辦法，但目前因為成本比較高，準確性也受到一定的制約，還沒有在臨床上大規模地運用。包括除了檢測大便以外，有時候可以檢查腸道黏膜的活檢樣本，在腸黏膜活檢樣本中可以通過PCR、分子生物學的辦法，檢測腸道菌群的含量。所以檢測腸道菌群可以通過PCR、顯微鏡下的染色的很多種方法進行檢測，但是目前在臨床上使用的最多的是顯微鏡下染色的辦法，能夠粗略的判斷菌群的含量、球菌/桿菌的比例，這對臨床工作有一定的指導意義。