腸道菌群的破壞是可以自己恢復的，比如腹瀉后不治療腸道菌群可自行恢復正常的過程，就是腸道菌群從失衡到平衡的過程。重建后的腸道菌群種類發生了變化，通過人體自身調節達到重新平衡的狀態。任何一次腸道菌群失衡的過程，或者是抗生素使用的過程，都會對人體的腸道菌群造成影響，但在人體自身功能的調節下，可以使腸道菌群重新達到平衡的狀態。