正常菌群是指在正常狀態下，寄生在體表或者各種腔道的細菌，這些細菌正常狀態下對人體是有益的，而且這些菌群起到互相依賴、互相制約的作用。當這些菌群一旦被打破，局部免疫功能低下，或者細菌異位到其他部位，這種情況下可能會對人體造成感染。正常狀態下，人體能夠寄生菌群的部位比如表皮，通常可能會寄生表皮葡萄球菌、大腸桿菌等。口腔一般常寄生的是葡萄球菌、鏈球菌，以及厭氧菌、白色假絲酵母菌等。另外還有最大的寄生菌群就是腸道寄生的細菌，主要是腸桿菌科的細菌，以及腸球菌、葡萄球菌、厭氧菌、雙歧桿菌、乳桿菌等。還可以寄生于泌尿系統，比如泌尿道常可以寄生大腸桿菌、腸球菌，以及假絲酵母菌。陰道也可以寄生細菌，主要乳桿菌、假絲酵母菌等。這些寄生的細菌，正常狀態下不會對人體造成疾病，但當局部的免疫功能低下，免疫屏障被打破或者細菌引起了異位，或者是菌群紊亂，引起某一種細菌過度生長，就有可能造成疾病。