會厭軟骨的作用主要是在吞咽食物時能夠蓋住喉入口，使食物或水不至于進入氣管，導致嗆咳或者吸入，甚至導致氣管異物。使吞咽的食物和水能夠沿著會厭兩側滑入到兩側的梨狀窩，然后進入食管入口，再順利吞咽到胃內。因為會厭軟骨正好位于喉入口處，所以其在吞咽時就可以將喉入口蓋住，從而避免食物誤吸、誤嗆到氣管內，導致氣管異物、誤吸、憋氣等，這個功能對于孩子也很重要。因為孩子的咳嗽力量弱，有時會有異物吸入到氣管內，但其咳嗽力量還不足以將吸入到血管內的異物咳出，從而形成上述情況。作為成人一般出現上述情況的可能性相對較小，因為成人咳嗽力量大，異物進入不到氣管內。另外，會厭軟骨包括黏膜發生腫脹時，可以導致急性會厭炎，有時會蓋住喉入口而導致明顯的憋氣表現。