肺炎鏈球菌是臨床當中常見的致病菌，可以導致多種疾病，最常見的疾病包括肺炎、支氣管炎、中耳炎、腦膜炎、胸膜炎、心肌炎和敗血癥等。針對肺炎鏈球菌引起的肺炎當中，最具有代表性的是大葉性肺炎，病人會表現為明顯的咳嗽、咳痰、發熱、呼吸困難等感染中毒癥狀。有些中耳炎或者上呼吸道感染、咽炎，也是由肺炎鏈球菌感染所導致。肺炎鏈球菌可以侵犯胸膜導致胸膜炎，肺炎鏈球菌也可以導致腦膜炎，有些腦膜的感染，是由于肺炎鏈球菌的感染所導致。另外肺炎鏈球菌一旦進入到血液，也可以造成敗血癥、心肌炎和心內膜炎，這個臨床過程則變得比較嚴重。肺炎鏈球菌對于許多抗菌素高度敏感，因此臨床過程相對預后比較好。