胃腸道間質瘤為潛在惡性腫瘤，較小時不易出現擴散或轉移的惡性表現。逐漸增大腫瘤可能出現復發轉移的情況，轉成惡性生長模式。 良性胃腸道間質瘤，隨著腫瘤生長會出現惡性潛能，出現復發轉移情況。2cm以下胃腸道間質瘤，基本上不易出現復發轉移，有些小的間質瘤可進行定期的復查。 如果小腸結直腸來源的較小胃腸道間質瘤，仍建議進行手術切除。因為這部分胃外的間質瘤惡性程度較高，易出現復發轉移的情況。所以2cm以上非胃來源的胃腸道間質瘤，要按照惡性腫瘤進行處理。