多發性肝內膽管結石屬于復雜膽管系統疾病，可能會表現較為嚴重，因為結石分布部位越多，膽管累及節段越多，術后發生癥狀越多，會造成手術不能很好得到根治。因為很難同時在一次手術當中解決多節段膽道結石，造成手術的困難程度。尤其對于肝內膽管、膽管結石有時位置位于膽管遠端，手術操作當中無法通過手段去把結石取出，只能通過犧牲切除部分膽管所在肝葉達到徹底切除結石目的。 但患者所受創傷較大，術后出現其它功能并發癥的幾率明顯增大，造成處理較為困難。即使手術當中取凈，術后再次在肝內膽管發生結石的復發可能性幾率明顯增加，因為成因多半是與膽汁內成分異常有關，所以不是光把結石切走就能夠徹底解決肝內膽管結石。有時嚴重肝內膽管結石從外科手術角度處理較為困難，對于累及多節段甚至全肝的肝內膽管結石，部分患者甚至要進行肝移植手術才能徹底治療疾病。