胃間質瘤手術時間取決于腫瘤大小、惡性程度、周圍臟器有無侵犯。如果腫瘤僅局限于胃壁，體積很小，單純腫瘤楔形切除即可，無論通過開腹還是腔鏡手術，大多在1小時以內可以解決。但如果腫瘤很大，生長在賁門結合部或十二指腸和胃接頭部位，需做胃大部切除或全胃切除，甚至腫瘤侵犯周圍臟器，需做聯合臟器切除，手術時間長，需3-4個小時，甚至更長時間。