胃間質瘤術前會對患者重要臟器功能進行全面評估，包括心臟功能、肺功能、肝功能、腎功能，確診能夠耐受麻醉手術的情況下，才會安排手術治療。因此，胃間質瘤手術風險在可控范圍內，大部分患者能夠安全度過圍手術期，少數患者因為自身合并其他疾病，如心臟疾病、肺部疾病、肝硬化、肝功能異常，術中、術后可能出現相應并發癥，包括心力衰竭、心律不齊、肺部感染、肝功能異常等情況，經過積極藥物處理，大部分患者能夠順利恢復。