胃間質瘤的手術方式主要有兩種，一種是傳統的開腹手術，即在腹壁做開放性的切口，直視下對腫瘤進行完整的切除，此手術缺點創傷大，術后恢復時間長。另一種是腹腔鏡下手術切除，即微創打孔手術，先于腹壁開孔，腫瘤切除后取物袋包好透過腹壁孔取出，此手術方法可避免腹腔中腫瘤破損，種植轉移，創傷較小。5cm以上的間質瘤，一般建議開腹手術，保證腫瘤切除完整，避免破損。