病毒感染可以引起發燒，細菌感染也可以引起發燒，在臨床上可能會表現出體溫增高，發燒程度都有可能重、可能輕，如病毒感染可能很重，也可能是低燒。細菌性感染可以引起全身中毒癥狀，甚至感染中毒休克、膿毒癥，也可以出現低燒，病毒性感染和細菌的感染在發燒方面的區別并不絕對。 有些患者細菌性發燒出現寒戰情況更多見，特別是革蘭氏陰性桿菌感染，可能會出現先發冷、寒戰，再出現高燒。病毒性發燒可能寒戰更少見。另外，病毒的發燒血象，特別是中性粒細胞不高。細菌性的感染血象會高，如白細胞，還有中性粒細胞會增加，臨床上經常做的叫降鈣素原，這個結果在細菌性感染中會高，病毒性感染不會太高。另外，要根據臨床表現區分，病毒性感染有時可能會全身各個地方都受累，有發燒、咳嗽、拉肚子或者肝臟損害、尿液改變。但是，細菌性感染往往相對比較局限，如肺炎僅是肺部表現，泌尿系是泌尿系為主的感染癥狀，所以，從癥狀上和臨床表現上會有不同，但是，細菌感染和病毒性感染，一定是大醫院專科醫生才能真正把它們區分開，甚至有些難以區分。