噬血細胞綜合征明確診斷后盡快開始治療，目前治療方案主要為0494治療方案。國際組織細胞協會目前推薦94方案作為初始治療方案。 部分患者早期對于噬血細胞控制較好，但仍有40-50%的患者達不到預期療效。目前國際組織細胞協會未推薦二線治療方案。對于原發病難以控制或治療難度較大的疾病、反復發作或原發噬血細胞者，推薦進行異基因造血干移植治療方案。 異基因造血干細胞移植適合于原發噬血細胞、難治復發、NK細胞功能持續低下、中樞神經受累患者。臨床認為可以考慮通過其他方法進行改進或治療嘗試，如脾切除，部分患者可以達到完全長期緩解和治愈。