脂肪肝的治療，最關鍵是病因治療。如酒精性脂肪肝，關鍵因素為戒酒。非酒精性脂肪肝，首要目標為改善胰島素抵抗，防止代謝綜合征及終末期靶器官損害。 次要目標為減少肝臟脂肪沉積，避免多重打擊，致非酒精性脂肪性肝炎及肝功能失代償。綜合治療包括病因治療、飲食控制、運動療法、藥物治療等。 減肥及運動可以改善胰島素抵抗，對治療肥胖相關的非酒精性脂肪性肝病效果顯著，但需避免體重下降過快，以防加重肝臟損害。并慎重使用降脂藥物，以防加重肝細胞損害。