住院具體天數需要根據自身傷口復雜程度、患者具體情況決定，通常低位肛瘺需要住院7-10天。但如果肛瘺位置較復雜可能需要相應延長住院時間，所延長時間應根據患者具體情況住3-4周，甚至需要分期手術，第二次住院時間需要更長時間。肛瘺分為低位和高位，低位肛瘺對于肛門括約功能傷害較小，術后恢復較快，如果患者體質好，住院7-10天可以出院。 高位復雜肛瘺由于需要切開或切開結合掛線，可能對肛門括約功能存在一定影響，住院時間長，需要半個月或20天進行觀察，處理局部創口。尤其掛線時，例如橡皮筋需要觀察脫落時間，以及所掛橡皮筋的松緊程度，如果所掛橡皮筋變松沒有切割力則需要進行緊線治療。因此高位復雜肛瘺住院時間較長，有利于病情恢復，患者出院以后需要定期根據醫生要求，3天或1周到醫院進行復查，復查目的是觀察創面愈合過程中有無橋形愈合、有無肉芽組織過度增生、創面引流是否通暢。只有醫生觀察創面以后才能判斷愈合是否順利，防止以后需要進行二次手術或創面愈合時間過久，甚至不能愈合情況出現。