肛瘺術后住院時間需要根據病情才能決定。一般對于比較簡單、單純的低位肛瘺，住院時間比較短，一般6-7天，花費也比較少，而且預后也較好。但對于高位復雜性肛瘺，住院時間相對更長。要待掛線脫落或掛線引流，逐漸換藥，創面才能愈合，可能需要住院一個月，甚至幾個月，相應花費也較多。 臨床常會有高位復雜性肛瘺，醫生需要與患者充分溝通，如果有換藥條件或其它較好條件，也可以帶掛線回家自行換藥，使其慢慢生長和修復，可以減少住院的總體時間，還有總體花費。