肛瘺患者進行手術治療以后，其創面的整個愈合過程，一般需要持續約4-6周的時間，4-6周的時間中，患者并不需要完全在醫院度過。普通的肛瘺患者術后，首先要控制住炎癥，即控制住局部感染，并且需要進行局部換藥。臨床上建議離醫院比較近的患者，根據創面的情況，如果創面的局部感染得以控制，住院約1周即可出院。患者出院后可選擇每日或間隔1-2日到醫院換藥，直至肛瘺完全愈合。高位復雜性肛瘺患者的手術創面比較大，牽扯到的組織比較多，因此對于術后換藥的要求較高。如果患者離家近，也可以同普通肛瘺患者一樣，無需注射抗生素或者靜脈注射治療，可以出院，然后間斷性地到醫院換藥，直至創面痊愈。如果患者的家庭住址距離醫院較遠，臨床會酌情建議患者延長住院時間。