嬰兒在疾病的時候可以吃益生菌，有好處，比如調節腸道菌群、減輕腸道病毒感染、緩解腸道副作用等，具體內容如下:1、調節腸道菌群：嬰兒期腸道菌群發育不完善，尤其是新生兒，缺乏腸道正常菌群，補充益生菌能夠補充腸道菌群，提高消化功能，緩解消化道癥狀，比如惡心、嘔吐、腹脹、腹瀉等；2、減輕腸道病毒感染：在疾病的時候，比如輪狀病毒性腸炎，可以造成腸道菌群紊亂，而輪狀病毒感染沒有特效治療，所以補充益生菌群，能夠有利于益生菌增長，可以減輕腸道病毒感染；3、緩解腸道副作用：在口服抗菌素的時候，殺死腸道致病菌的同時，也可能會殺死腸道正常菌群，會造成菌群紊亂，益生菌可以補充正常腸道菌群，有助于緩解抗生素所造成的腸道副作用，抗生素和益生菌要間隔2個小時服用。