益生菌是治療便秘時經常選擇的一類藥物，可能單靠此藥物很難完全解決便秘的問題。便秘通常是指功能性慢性便秘，產生的機制非常復雜，腸道菌群紊亂只是便秘的原因之一，還有尚未明確的病因，如腸道動力不足、腸道動力紊亂等，還有內臟的敏感性改變以及中樞、腸道之間的相互調節產生紊亂，也與精神狀態、壓力有關。所以便秘不可能靠簡單的口服益生菌進行治療，但益生菌對于治療便秘肯定有一些幫助，在補充益生菌的同時還需要了解患者是否存在動力障礙。如果有動力障礙，可能需要加用促動力的藥物，還需要調節神經功能與其他對癥治療，如使用緩解劑幫助排便等。