益生菌屬于較安全的藥物，通常可在進餐后數小時服用，服用時間并無嚴格要求，對胃及腸道不存在較大的刺激。益生菌屬于輔助胃腸功能消化、吸收的藥物，無嚴格要求的固定服用時間，但需考慮每天的服用次數。建議患者在餐后20-30分鐘服用益生菌，因為在進食后胃酸被中和，不會殺滅益生菌，可使相關作用維持。若患者空腹服用益生菌，胃酸分泌過多會對益生菌造成影響。此外患者服用益生菌時，水溫應避免過高，使用30℃-40℃的溫水有利于保持作用，若水溫較高會導致益生菌被殺滅而失去作用。此外益生菌需要在低溫環境儲存，避免過高溫度，否則會影響其作用。