長期吞痰是不好的習慣，痰中的細菌、病毒等病原微生物以及其炎癥代謝產物，一起進入消化道，如食道、胃腸道等，可能在消化道里產生炎癥。如果痰里有結核分枝桿菌，吞痰動作就會使呼吸道的分枝桿菌進入消化道，可引起腸結核、胃結核等消化道結核。如果本身胃有潰瘍、有炎癥，吞入的炎癥介質則不利于消化道炎癥愈合。所以不建議長期吞痰，痰液應及時咳出，并放入裝有消毒液的專有容器，沒有容器時，可用紙巾包住，進行后續處理。如果懷疑痰中有結核桿菌，建議焚燒紙巾，這是最理想的一種消毒方式。