全胃切除后需將遠端空腸與食管進行吻合，手術常見并發癥包括吻合口出血、吻合口瘺。因為做吻合口以后進行吻合，與正常腸管存在區別，如果吻合情況較差，就有可能出現瘺。 此外，還可能出現傾倒綜合征，全胃切除手術以后不存在幽門，進食如果過快，食物直接進入腸管，腸道很快吸收易導致高血糖、高滲透壓，從而引起腹瀉或頭昏、嘔吐等表現。 全胃切除手術，腹腔尤其上腹部創面較大，可能出現創面出血、腹腔內感染等并發癥。