肛周膿腫破潰或切開后形成肛瘺，所以肛瘺和肛周膿腫實際是一個疾病的兩個不同階段。膿腫是肛周膿腫急性期表現，肛瘺則是慢性過程。肛瘺主要癥狀是流膿，膿液多少決定于炎癥情況，急性炎癥時膿比較多，在慢性炎癥時膿就會比較少。 患者還會出現瘙癢，由于皮膚受到膿液長時間刺激，可引起濕疹樣改變，甚至造成濕疹性皮炎。此外，患者還會感覺疼痛，肛瘺一般不疼痛，但是如果引流不暢造成急性炎癥，會引起疼痛。