有些肛周膿腫可以自行破潰，自行破潰或者是手術切開以后形成肛瘺。形成肛瘺以后疼痛會緩解，有些病人因為疼痛癥狀減輕，加上畏懼手術，可能會選擇保守治療，拒絕進一步的手術根治。在這種情況下，肛瘺外口隨著時間延長可能會愈合，但是內口和肛竇仍然存在。一旦肛瘺內口再次感染，可以引發肛周膿腫，手術是唯一的治療方法。肛周膿腫和肛瘺復發率相當高，肛周膿腫和肛瘺根治術后，應該加強術后的飲食管理，養成良好的生活習慣，例如少吃辛辣刺激性食物、少喝酒、少吃牛肉、羊肉和海鮮等發物、保持肛門局部清潔、便后經常清洗，預防肛瘺和肛周膿腫的復發。