水痘腦炎確診的方法是進行腦脊液檢查，目前的檢查手段有分子生物學檢查，如果找到病原體則可以進行診斷。水痘腦炎是由單純皰疹病毒感染引起，該病的診斷要點還包括以下幾點：1、癥狀：該病起病較急，患者可以出現高熱，或者意識障礙等神經精神方面異常，并且可以出現皮膚黏膜的水皰、皰疹；2、實驗室檢查：患者的腦脊液可以出現異常改變；3、影像學檢查：患者進行顱腦CT檢查可能存在異常，可出現顱腦小軟化灶、小出血或溝回邊緣模糊等表現。