經皮腎鏡碎石對腎臟有一定的傷害，所謂經皮腎鏡碎石要在腰部做一個小切口，從洞內通過皮膚，一直到腎臟、腎盂建立起通道，即經皮到腎盂的通道。在通道內放入經皮腎鏡，有微創腎鏡，即小通道腎鏡，也有常規通道腎鏡。根據通道粗細，對腎臟的損傷程度也不同。但對腎臟本身，如果做經皮腎鏡通道，對腎臟仍有一定的傷害作用。但這些傷害對腎臟本身并不是特別大，也有少數患者在腎臟穿刺以后會有血尿，有一定損傷。因此經皮腎鏡本身，相對于之前的開放性大手術，對腎臟本身創傷比較小，但仍有一定的創傷性。因此進行經皮腎鏡之后，不建議患者過于積極活動，有些患者會有血尿的情況，少數患者會因為血尿而再去做止血治療。