胃鏡檢查通常3-5分鐘可結束，根據病人情況，有的病人需要活檢則時間稍長。腸鏡檢查則因人而異，有的病人腸道彎較少，檢查時間較短，通常為3-5分鐘，有的病人甚至2分鐘即可做到回盲瓣。操作時嚴格要求進鏡可以快，但退鏡時必須慢，退鏡要求不能短于6分鐘。病人腹部做過手術或生育次數較多，腹肌無力或腸道彎較多，則檢查的時間更長，甚至1小時以上。