病毒性腦炎患者的治療與病程多樣化及嚴重程度有關，較輕的病毒性腦炎，一般7天可出院，繼續口服抗病毒藥物鞏固治療。如病情較嚴重，合并癲癇發作、舞蹈癥、四肢無力等癥狀需做康復治療，療程一般2-3周。病毒感染繼發自身免疫性腦炎患者，如對一線藥物敏感，療程約2-3周，如對一線藥物或二線藥物不敏感，治療時間較長。