有痛腸鏡在臨床上稱為普通腸鏡，就是在沒有做靜脈麻醉的情況下做腸鏡檢查，即在完全清醒的狀態下，腸鏡插入到腸腔完整地觀察結腸。可能會存在少許的脹氣、疼痛等不適感，但是多數患者都能耐受。無痛腸鏡是指在靜脈麻醉下做腸鏡檢查，注射麻藥后，患者可以在睡眠的狀態下做腸鏡檢查，相對普通腸鏡而言沒有痛苦。腸鏡操作的過程中，鏡子需要從肛門插入，然后完整地觀察結腸。移動腸鏡的過程當中要有少量的注氣，腸腔才能展開，由于腸腔不是筆直的管道，所以拐彎的時候還可能會有牽扯的疼痛等不適感，通常腸鏡順利到達回盲部之后，不適感會消失。在退鏡的過程當中，會細致觀察腸腔、黏膜的整個范圍。雖然普通腸鏡會有一點脹氣和不適，但其實大多數人都可以耐受檢查。