寶寶肛瘺自愈后通常不會復發，即通常不會殘留瘺管。寶寶的肛瘺早期，可能是肛周膿腫的表現，即肛門周圍存在膿包，此時處于急性期，醫生可能會進行切開引流的手術，或待其自愈。度過急性期后會形成肛瘺，此時稱為亞急性期或慢性期，會形成肛周的竇道或瘺管樣結構，逐漸會有分泌物或膿性液體排出。但寶寶的肛瘺與成人肛瘺不同，后者多需要通過根治性手術才能治愈，而寶寶的肛瘺多數預后較好，因為其瘺管比較單純、走行較單一、位置也較表淺，且寶寶的自愈能力較強，因此較少會遺留后遺癥，即較少有殘留瘺管的情況。此外，也與本身的因素多為功能性疾病有關，包括便秘，或排便時肛管、直腸壓力增高等，因此自愈后，通常沒有殘留的瘺管等情況。