衣原體感染以非淋球菌性尿道炎多見。衣原體對抗生素比較敏感，治療不困難，但是療程較長。一般需口服四環素或強力霉素14天，如果耐藥或療效不滿意，可改為紅霉素、左氧氟沙星、阿奇霉素；對于頑固性病例，需要抗感染3-6周。如果治療不徹底，男性可以引起急性附睪炎、前列腺炎；女性可以引起急性輸卵管炎、子宮內膜炎、盆腔炎、不孕不育，治療困難并容易復發，療程延長，配偶需同時進行相應的治療。